El curso está dirigido especialmente a estudiantes de los últimos cursos de grado, doctorado y a profesionales de la industria relacionados con la Microbiología y la Tecnología de Alimentos que quieran familiarizarse con una serie de técnicas, algunas de reciente desarrollo, de Ecología Microbiana Molecular que se utilizan para caracterizar la estructura, composición y evolución de las poblaciones microbianas en
diversos ecosistemas, incluyendo los que constituyen las matrices alimentarias.

El temario se ha preparado desde la experiencia investigadora de los profesores que han desarrollado los temas y la experiencia docente
que conlleva haber realizado el curso de forma presencial durante tres convocatorias (2007, 2009 y 2011) antes de su impartición on-line. Espero que os resulte sencillo, ameno y sobre todo útil en vuestro trabajo o investigaciones.

Si estás interesado en esta formación y quieres saber todos los detalles sobre su contenido y funcionamiento, puedes hacerlo enviando un correo electrónico a los coordinadores de los cursos (Ana Mª García, Diego A. Moreno)

Objetivos

En muchos nichos ecológicos un número indeterminado de especies microbianas interactúan y compiten por espacio y nutrientes. Las células se encuentran en condiciones fisiológicas y de viabilidad diversas, de tal forma que las técnicas de cultivo clásicas subestiman la diversidad y muchas veces no son capaces de cuantificar ni siquiera los grupos mayoritarios. Las dificultades de cultivo de un tipo microbiano concreto pueden deberse a diversas causas: necesidad de factores de crecimiento desconocidos, relación de dependencia con otros microbios del entorno, estar en estados fisiológicos no cultivables, etc. Para paliar las limitaciones del cultivo, se han desarrollado técnicas microbiológicas moleculares independientes de cultivo con las que se detectan y/o cuantifican, dependiendo de las técnicas, los microorganismos de un determinado ecosistema.
En los últimos años estos métodos se están aplicando profusamente en Microbiología de los Alimentos. Una de sus principales aplicaciones en este campo es el estudio y la caracterización de las fermentaciones alimentarias tradicionales. De esta forma, se identifican los componentes de la microbiota que dirigen los procesos, se estudia la dinámica de poblaciones a lo largo de los procesos de elaboración y
maduración y se rastrean los genes clave para la colonización de los ecosistemas.

Los objetivos concretos del curso son:
- Conocer las bases teóricas de las nuevas metodologías microbiológicas independientes de cultivo (DGGE, construcción y análisis de genotecas, FISH, metagenómica, etc.).
- Saber los procedimientos que se requieren y reconocer los pasos de los protocolos.
- Conocer el equipamiento, los materiales y los reactivos necesarios de las distintas técnicas.
- Reconocer la aplicación de las distintas técnicas y métodos para utilizar, llegado el caso, la más apropiada para una muestra o un ecosistema.
- Conocer las ventajas y limitaciones de las distintas técnicas y en qué casos resulta adecuada la utilización de cada una de ellas.
- Adquirir los conocimientos necesarios para realizar una lectura crítica de los resultados que se reportan en los artículos científicos con estas técnicas.

Temario

El programa del curso consta de doce Unidades Didácticas. En la primera se hace una introducción general a la Microbiología de los Alimentos. La segunda revisa las técnicas microbiológicas convencionales de cultivo en medios selectivos y diferenciales. Tras una breve introducción a las técnicas microbiológicas independientes de cultivo en la tercera Unidad Didáctica, se repasa cada una de las técnicas en las unidades siguientes, explicando la metodología que cada una requiere, comenzando por uno de los pasos esenciales común a muchas de las técnicas: el aislamiento y la purificación de los ácidos nucleicos microbianos a partir de las matrices alimentarias.

• Unidad Didáctica 1.- Introducción a la Microbiología de los Alimentos
• Unidad Didáctica 2.- Análisis microbiológico de los alimentos: técnicas convencionales
• Unidad Didáctica 3.- Introducción a las técnicas microbiológicas cultivo-independientes
• Unidad Didáctica 4.- Aislamiento y purificación de ácidos nucléicos. Hibridación de ácidos nucléicos
• Unidad Didáctica 5.- Hibridación fluorescente in situ (Fluorescent in situ hybridization, FISH)
• Unidad Didáctica 6.- Técnica de la PCR y amplificación de ácidos nucleicos
• Unidad Didáctica 7.- PCR-cuantitativa o PCR a tiempo real
• Unidad Didáctica 8.- Electroforesis en geles de gradiente desnaturalizantes (DGGE)
• Unidad Didáctica 9.- Otras técnicas electroforéticas (SSCP, LH-PCR, TFLP, RISA, ARISA, etc.). Técnicas independientes de cultivo no basadas en ácidos nucleicos
• Unidad Didáctica 10.- Hibridación de microarrays de ADN
• Unidad Didáctica 11.- Construcción de librerías génicas (genotecas)
• Unidad Didáctica 12.- Técnicas de secuenciación masiva (Next Generation Sequencing o NGS)