La Sociedad Española de Microbiología (SEM) es una sociedad científica fundada en 1946 en el Instituto Jaime Ferrán, del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), en Madrid. Su nombre original fue el de Sociedad de Microbiólogos Españoles, que mantuvo hasta 1970, cuando, por decisión de sus socios, tomó el nombre actual de Sociedad Española de Microbiología (SEM). 

La SEM tiene como principales objetivos: fomentar la microbiología básica y aplicada, cultivar las relaciones internacionales, reunir a los distintos profesionales que trabajaban en esa ciencia, y contribuir a la difusión de la ciencia en general, y de la microbiología en especial, entre la ciudadanía. 

Es una sociedad interdisciplinar, que tiene unos 1700 socios que trabajan en los distintos campos de la microbiología.